在細菌的形態(tài)學(xué)檢查中以光學(xué)顯微鏡為常用，借助顯微鏡顯微放大后可以觀(guān)察到細菌的一般形態(tài)和結構。檢查細菌常用的顯微鏡有以下4種：
1.生物顯微鏡：普通生物顯微鏡通常以自然光或燈光為光源，其波長(cháng)約0.5μm。在最佳條件下，顯微鏡的最大分辨率為波長(cháng)的一半，即0.25μm，而肉眼所能看到的最小形象為0.2mm，故在普通光學(xué)顯微鏡下用油鏡放大1000倍，可將0.25μm的微粒放大到0.25mm，肉眼便可以看清，一般細菌大0.25μm，故用普通生物顯微鏡均能清楚看到。
2.暗視野顯微鏡：暗視野顯微鏡是用特制的暗視野集光器代替普通光學(xué)顯微鏡上的明視野集光器，由于暗視野集光器的中央為不透光的遮光板，光線(xiàn)不能直接射入鏡筒，故背景視野黑暗無(wú)光，而從集光器四周邊緣斜射到標本部位的光線(xiàn)，經(jīng)菌體散射后而進(jìn)入物鏡。故在強光的照射下，可以在黑暗的背景中看到發(fā)亮的菌體，猶如夜空中的明亮星星。明暗反差提高了觀(guān)察的效果，多用于檢查不染色的活細菌和螺旋體的形態(tài)及運動(dòng)觀(guān)察。
3.相差顯微鏡：在進(jìn)行未染色標本檢查時(shí)，由于細菌的折旋光性與周?chē)h(huán)境的折旋光性相近，明暗對比不明顯。在普通光學(xué)顯微鏡下不易看清，用暗視野顯微鏡只能看到發(fā)亮的菌體輪廓，看不清內部結構。而相差顯微鏡依據光波穿過(guò)標本中密度不同的部位時(shí)，引起光相差異的原理，利用相差板的光柵作用，改變直射光的光相和振幅，將光相的差異轉換成光的強度的差異，使細菌中的某部分結構比其他部分深暗，襯托出鮮明的對比。本法主要用于檢查不染色活細菌的形態(tài)及某些內部結構。
4.熒光顯微鏡|顯微鏡攝像頭|顯微鏡接口：熒光顯微鏡|顯微鏡攝像頭|顯微鏡接口以紫外光或藍紫光為光源，能激發(fā)熒光物質(zhì)發(fā)光使之成為可見(jiàn)光。細菌經(jīng)熒光色素染色后，置于熒光顯微鏡|顯微鏡攝像頭|顯微鏡接口下，即可激發(fā)熒光，因此在暗色的背景下可以看到發(fā)射熒光的細菌。由于紫外光與藍紫光的波長(cháng)較短（0.3～0.4μm），故分辨率得到進(jìn)一步提高。熒光顯微鏡|顯微鏡攝像頭|顯微鏡接口還廣泛應用于免疫熒光技術(shù)中。
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